1.菠萝蛋白酶人体也可能有某些副作用，尤其是过敏体质者，食菠萝果肉或果汁，可能引发呕吐、腹痛、腹泻、头痛、皮疹等，严重者会发生呼吸困难。菠萝果肉所含苷类物质，对舌和口腔黏膜也有刺激性。因此，过敏体质、消化道溃疡、凝血功能障碍、肾病、湿疹、肺结核等患者慎食菠萝鲜果肉。为减少和消除菠萝对人体可能产生的副作用，可把去皮后的菠萝果肉浸于淡盐水中半小时后取出，用净水冲去盐味，可减少其酸味，并消减其致敏原及苷类物质对人体的刺激性。
2.菠萝不宜和鸡蛋、牛奶同时进食，因菠萝果酸与蛋白质结合凝固，不易消化；
3.妊娠期妇女不宜过食菠萝等含糖量较多的水果，避免加重对糖代谢的不利影响；
4.进食菠萝鲜果肉，一次不可过量，且空腹时最好不食菠萝鲜果肉，避免对消化道黏膜可能产生的损害。
菠萝含有蛋白质、维生素B1和B2、尼克酸、钙、磷、钾、锰、锌、硒等，而胡萝卜素的含量高于桃、李、葡萄、香蕉，这些对人体保健有助。对菠萝鲜果肉恰当食用，可以获得良好功效。
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